در سال ۲۰۰۰ کمیتهٔ حمایت از روزنامه‌نگاران، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد.

در اوایل کار مجلس ششم، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود. این طرح چندی پیش در مجلس پنجم تصویب شده‌بود.

تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیر شده و به زندان افتاده‌اند. مانند احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.

موقوفه کارنگی برای صلح بین‌المللی در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلمکریم سجادپور منتشر کرد.مقاله اینچنین آغاز می‌شود: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازهٔ آیت‌الله خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». به نظر می‌رسد این تحلیل که خود موسسهٔ کارنگی آن را «تحلیل عمیق سیاسیِ» سیدعلی خامنه‌ای و بر اساس سخنرانی‌ها و نوشته‌های وی در ۳ دهه اخیر می‌داند، در ایران چندان با واکنش‌های تند داخلی مواجه نشده‌است.

سفرهای استانی

سفر به استان قم در سال ۱۳۸۹

سید علی خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۸۹ برای یک سفر ۹ روزه به شهر قم رفت.

وی در یکی از سخنرانی‌هایش گفت که تحریم‌های آمریکا و شورای امنیت اثر چندانی در زندگی مردم نخواهد داشت. وی دربارهٔ حوادث سال ۸۸ نیز گفت:

دشمنان، قصد داشتند با فتنه‌انگیزی، این حضور پرشور را تحت‌الشعاع قرار دهند، اما موفّق نشدند و فتنه پارسال، کشور را در برابر میکروب‌های سیاسی واکسینه کرد.»

انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۸۸

در انتخابات سال ۱۳۸۸، محمود احمدی‌نژاد با میرحسین موسوی و دو تن دیگر رقابت می‌کرد. در این انتخابات احمدی‌نژاد با ۶۳٪ رای در برابر ۳۴٪ رای موسوی به پیروزی رسید. انتخابات اعتراضات شدیدی را از سوی هواداران موسوی و کروبی در پی داشت و معترضان نظام را بهتقلب گسترده در انتخابات متهم کردند. البته آیت‌الله خامنه‌ای، از نتیجهٔ اعلام شده حمایت و ساعاتی پس از اعلام نتایج به رئیس‌جمهور منتخب تبریک گفت. وی در انتخابات‌های گذشته نیز، فردای روز انتخابات پیام تبریکی برای رئیس جمهور ارسال کرده‌است.

موسوی پیش از اعلام نتیجه خود را پیروز انتخابات اعلام کرده‌بود. حامیان موسوی، صحت نتایج را به چالش کشیده و راهپیمایی‌های مردمی عظیمی را در تهران و چند شهر دیگر برگزار کردند.

علی خامنه‌ای خواستار شد که طبق روند قانونی شورای نگهبان موارد تقلب ادعایی بررسی شود. به‌رغم درخواست معترضان او با خروج از روند قانونی مخالفت کرد. (البته چند مورد را اجازه داد، مانند تمدید مهلت). شورای نگهبان تصمیم بازشماری رای‌ها را گرفت و بازشماری انجام شد، ولی مخالفان خودِ شورای نگهبان را از عاملان تقلب در انتخابات دانسته و بررسی انجام شده توسط آن را مقبول نمی‌دانستند.

پس از حدود یک هفته اعتراض، خامنه‌ای اولین واکنش علنی خود را به ناآرامی‌ها نشان داد. او با بعید خواندن احتمال تقلب ۱۱ میلیونی به مخالفان در مورد ادامهٔ اعتراضات خیابانی هشدار داد. وی در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد ۱۳۸۸ که یک هفته بعد از انتخابات برگزار شد در خطبه‌های پیش از نماز به صراحت اعلام کرد که از رئیس جمهور منتخب حمایت می‌کند، تمام توانش را برای ممانعت از تغییر خارج از روند قانون نتیجهٔ انتخابات به کار خواهد گرفت، و هشدار داد که «اگر چند نخبهٔ سیاسی بخواهند قانون را زیر پا بگذارند، یا برای اصلاح ابرو چشم را کور کنند، چه بخواهند و چه نخواهند مسئول خون‌ها و خشونت‌ها و هرج‌ومرج‌ها، آن‌هایند». وی ضمن تعریف از هاشمی در عبارتی اثرگذار و بسیارمهم گفت: «من البته در موارد متعددی با آقای هاشمی اختلاف‌نظر داریم، که طبیعی هم هست؛ ولی مردم نباید دچار توهم بشوند، چیز دیگری فکر کنند. البته بین ایشان و بین آقای رئیس جمهور از همان انتخاب سال ۸۴ تا امروز اختلاف‌نظر بود، الان هم هست؛ هم در زمینهٔ مسائل خارجی اختلاف‌نظر دارند، هم در زمینهٔ نحوهٔ اجرای عدالت اجتماعی اختلاف‌نظر دارند، هم در برخی مسائل فرهنگی اختلاف‌نظر دارند؛ و نظر آقای رئیس جمهور به نظر بنده نزدیکتر است.» این جمله وی بارتاب‌های کوتاه‌مدت و بلندمدت فراوانی در پی داشت و دارد.

سازمان عفو بین‌الملل در اطلاعیه‌ای این سخنرانی را «چراغ سبز رهبر ایران برای سرکوب» توصیف کرد. اعتراضات فردای آن روز با کشته شدن چند تن از معترضین همراه شد.

دیری نپایست که اعتراضات متوجه خامنه‌ای شد و معترضان با سردادن شعارهایی، عملکرد وی را مورد اعتراض قرار دادند.

او در پاسخ به درخواست موسوی اردبیلی، برای آزادی زندانیان سیاسی گفت:

شما در زمان امام راحل عظیم الشان، رئیس شورای عالی قضائی بودید و من رئیس‌جمهور. در آن زمان که متولی قوهٔ قضائیه شما بودید به دستور رهبر فقید انقلاب، مخالفان نظام اعدام می‌شدند. اکنون من دستور نداده‌ام مخالفان نظام را اعدام کنند، آنها را فقط زندانی کرده‌اند، حالا شما به این هم اعتراض می‌کنید؟

در پی حوادث سال ۸۸ او را در سال ۲۰۰۹ دانشگاه اسلو دیکتاتور سال شناخت.

در سال ۱۳۹۰ پس از انتشار اسنادی که جزئیات آن پس از یک سال و نه ماه پس از دیداری با نمایندگان اصولگرای مجلس داشته‌است، به مجلس توصیه کرده‌است که قوهٔ قضاییه باید میان معترضان و آشوبگران تمایز قایل شود، اما این تمایز به معنی مصونیت معترضان نیست و آنها نیز باید تاوان آنچه را که می‌گویند، بپردازند.^[۸۳]

حادثهٔ کهریزک

پس از انتخابات، چند تن از دستگیر شدگان از جمله فرزند عبدالحسین روح الامینی از وفاداران به سید علی خامنه‌ای در بازداشتگاه کهریزک، جان خود را از دست دادند که حتی ادعای شکنجهٔ زندانیان نیز شده‌است. پس این ماجرا وی دستور تعطیلی بازداشتگاه را صادر کرد.

حمله به کوی دانشگاه

در دومین حمله به کوی دانشگاه (حملهٔ نخست در زمان ریاست‌جمهوری سید محمد خاتمی روی داده‌بود)، متجاوزان با شعار حمایت از رهبر به ضرب و شتم دانشجویان پرداختند، که خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد این عمل را تقبیح کرد. وی دستور به رسیدگی به وقایع کوی دانشگاه را صادر کرده‌بود.

دیدگاه‌ها

اعتقاد به تئوری توطئه و روحیه ضد آمریکایی

در اسفند ۱۳۵۹، هنگامی که بیش از ۱۰۰ هزار نفر برای گرامی داشت درگذشت مصدق و درخواست تشکیل جمهوری دموکراتیک به جای جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران گردهم آمدند، سیدعلی خامنه‌ای به شکل تهدید آمیز گفت: «ما مثل آلنده و مصدق لیبرال نیستیم که C.I.A بتواند «ما را» سرکوب کند.»^[۸۷]

سرژ میشل و پائولو وودز بر این باورند که سخنرانی‌های علی خامنه‌ای مجموعه‌ای است از «تهدیدها و شعارهای تو خالی» که با اعتقاد برتئوری توطئه و روحیهٔ شدید ضد آمریکایی همراه است، او همه جا «دسیسهٔ دشمنان» را می‌بیند و قدرت‌های خارجی را «مستکبر»، «شیطانی»، «آزمند»، «منفور»، «واپس‌گرا»، «برتری‌طلب»، «سرطانی»، «ستمکار»، «زهرآگین» و «تجسم شیطان» توصیف می‌کند. این صفات هم به دولت‌های غربی و هم به سرویس‌های اطلاعاتی‌شان سیا، موساد، اینتلیجنت سرویس، اطلاق می‌شود

اعتقاد به برتری عقیده و صلاحدید ولی فقیه بر نظر مردم

علی خامنه‌ای، رهبر کنونی نظام جمهوری اسلامی ایران، معتقد است:

اختیارات ولی فقیه در صورت تعارض با اراده و اختیار مردم، بر اختیارات و تصمیمات مردم، مقدم و حاکم است.

او عقیده دارد در نظام تحت ولایت ایشان ولی فقیه همان حاکم اسلامی است و حکومتش تا قیامت ادامه پیدا می‌کند

مراد از ولایت مطلقه فقیه جامع‌الشرایط، این است که دین حنیف اسلام که خاتم ادیان آسمانی و باقی تا روز قیامت است، دین حکومت است و دین اداره شئون جامعه، پس در این حکومت چاره‌ای جز این نیست که تمام طبقات جامعه، یک ولی امر و حاکم شرع و رهبر داشته باشند، تا امت اسلام را از شر دشمنان اسلام و مسلمین حفظ کند و با جلوگیری تعدی قوی بر ضعیف، عدالت را در سیاست جامعه برپا دارند و وسایل پیشرفت فرهنگی، سیاسی و شکوفایی اجتماعی را فراهم سازد و چه بسا این کارها با خواسته‌ها، مطامع، منافع و آزادی بعضی اشخاص در تضاد

از نظر او این حکومت و حاکمیت نه تنها اختیاری نیست، بلکه تحت عناوینی چون «مصلحت»، «حفاظت امت از دشمنان» و «اجرای حکم اسلام» گریز و چاره‌ای از آن نیست. او همچنین اعتقاد دارد دایره این حاکمیت می‌تواند تا آزادی شخصی افراد پیش رود. خامنه‌ای همچنین از «واجب بودن» اقدام علیه خواسته و صلاحدید مردم، در شرایطی که آنرا مخالف با آنچه که ایشان «مصالح عمومی اسلام و مسلمین» می‌نامند، سخن به میان می‌آورد و حتی بیان می‌دارد که این تشخیص مصالح بر دوش حاکم مسلمین یا همان «ولی فقیه» است:

همچنین بر حاکم مسلمین پس از عهده‌دار گردیدن وظیفه مهم رهبری واجب است، که عنداللزوم دست به اقدامات مناسب بزند و باید خواسته و صلاحدید حاکم مسلمین در مواردی که به مصالح عامه اسلام و مسلمین مربوط می‌شود، برخاسته و صلاحدید عامه مردم، مقدم گردد.

به گفته حسن فیروزآبادی، خامنه‌ای در زمستان ۱۳۹۱ در برابر گفته عده‌ای که سخنان او را «فرمایش» می‌دانند، آن‌ها را «دستور» دانست و از مسوولان حکومتی گلایه کرد که بدان‌ها عمل نمی‌کنند.

فرهنگ ایرانی

علی خامنه‌ای بر این باور است، که به جای تأکید بر ایران قبل اسلام، باید بر ایران بعد از اسلام تاکید شود زیرا به عقیدهٔ او افتخارات ایران بعد از اسلام برجسته تر از افتخارات ایران قبل از اسلام است.

او همچنین بیان کرده که پیشرفت‌های حکومت‌های دیلمی، سلجوقی و صفوی با پیشرفت‌های ایران قبل اسلام، قابل مقایسه نیست.

موسیقی

علی خامنه‌ای، درباره موسیقی گفته‌است:

موسیقی اگر انسان را از یاد خدا و معنویت غافل کند و به ابتذال، گناه و بیکارگی بکشاند، حرام است. ببینید، در مورد موسیقی دو حرف وجود دارد: یکی این که ببینیم، اساساً مشخصه‌های موسیقی حلال و حرام چیست و دیگر این که بیاییم، در مصداق، مرزهایی را مشخص کنیم تا جوانان بدانند که این یکی حرام و این یکی حلال است. البته این دومی کار آسانی نیست، کار دشواری است؛ که انسان از این اجراهای موسیقی‌های گوناگون ـ موسیقی خارجی، موسیقی ایرانی هم با انواع و اقسامش، با کلام، بی کلام ـ بخواهد، یکی یکی این‌ها را مشخص کند اما مشخصه‌های کلی یی دارد که آن را می‌شود، گفت. البته من هم در جاهایی به بعضی از اشخاصی که دست اندر کار بودند، آنچه را که می‌توانستم و می‌دانستم، گفته‌ام. حالا هم مختصری برای شما عرض می‌کنم. ببینید. موسیقی اگر انسان را به بیکارگی و ابتذال و بی حالی و واخوردگی از واقعیّت‌های زندگی و امثال این‌ها بکشاند، این موسیقی، موسیقی حلال نیست، موسیقی حرام است. موسیقی اگر چنانچه انسان را از معنویت، از خدا و از ذکر غافل کند، این موسیقی حرام است. موسیقی اگر انسان را به گناه و شهوترانی تشویق کند، این موسیقی حرام است.

وی همچنین در دیدار با اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی در ارتباط با موسیقی گفت:

الان در دانشگاه‌های کشور ترویج موسیقی می‌شه، نباید بشود، ترویج موسیقی می‌شه؟! ترویج موسیقی یک کاری است بر خلاف مذاق اسلام. درسته که هر نوع موسیقی حرام نیست، اما ترویج موسیقی، معناش این نیست که یک موسیقی را که حرام نیست می‌گردند با دقت پیدا می‌کنند، اونو تعلیم می‌دهند به مردم و ترویج می‌کنند. این نیست، نخیر، درست عکس این است.

هوشنگ اسدی، یکی از هم‌سلولی‌های علی خامنه‌ای در زندان پهلوی می‌گوید:

سید علی خامنه‌ای از همان ابتدا از موسیقی تنفر داشته‌است. هنگامی که اسدی در زندان آهنگی را از بنان، زمزمه می‌کرده‌است، خامنه‌ای به وی پیشنهاد داده که به جای زمزمه آهنگ بنان به زمزمه دعا و مناجات بپردازد.

زنان

خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به مناسبت‌های گوناگون دیدگاه خود درباره زنان و نقش آنان را در جامعه بیان کرده است. این دیدارها گاه به مناسبت روز زن در ایران بوده‌اند و گاه با فعالان زن در جهان عرب. دولت ایران اغلب به تبلیغ دیدگاه‌های او درباره زنان می‌پردازد و بسیج ایران نیز برپایه این دیدگاه‌ها منشوری تهیه کرده است تا به تبیین «زن مسلمان طراز انقلاب اسلامی» بپردازد.

در ژوئیه ۱۹۹۷، او اندیشهٔ مشارکت برابر زنان در جامعه را منفی و ابتدایی و کودکانه خواند. به باور وی، حضور زنان در پست‌های اجرایی کشور مایه افتخار نیست و نوعی انفعال در برابر گفتمان غربی به شمار می‌رود. او همچنین «خانه‌داری» و «فرزندآوری» را مجاهدت و هنر زنان دانسته است.

ارزش راستین زن با این سنجیده می‌شود که او چه میزان محیط خانواده را برای همسر و فرزندانش همانند بهشت می‌کند.

همزمان با رهبری سید علی خامنه‌ای، سیاست‌های محدودیتی برای زنان ایران دنبال شد. این شامل جلوگیری از سفر به خارج زنان بی‌اجازه «ولی» (که اغلب شوهر یا پدر می‌باشد) و جداسازی جنسیتی می‌شود. سرکوب زنان از راه کنترل پوشش هر سال توسطگشت‌های ارشاد اعمال می‌شود و زنان ناچار به بر سر گذاشتن حجاب می‌شوند. سرپیچی از این قانون اغلب دستگیری و جریمه نقدی به همراه دارد. در ژوئن ۱۹۹۸، علی خامنه‌ای دستور به «سرکوب رفتارهای سرکشانه زنان» داد و تا میانه اوت همان سال، ۱۸۰۰ زن و مرد به دلیل آنچه «پوشش نامناسب و رفتار هرزه» خوانده شد توسط پلیس دستگیر شدند. این دوره همچنین شاهد سرکوب روزنامه‌نگاران زن و روزنامه‌ها و مجلات ویژهٔ زنان همچون مجله زنان بود.

اتهامات

ماجرای کرخه کور

بنا بر ادعای ابوالحسن بنی‌صدر که در آن زمان فرماندهی کل قوا را بر عهده داشته است، خامنه‌ای در جریان جنگ ایران و عراق و در نبرد کرخه کور در جبهه جنگ حضور یافته ولیکن فرار وی از منطقه عملیاتی موجب تضعیف روحیه و فرار سربازان شده است. از سوی دیگر سایت مشرق نیوز ادعا دارد که در جریان جنگ اساساً چنین اتفاقی نیافتاده است. همچنین سخنان خامنه‌ای علیه بنی‌صدر در مجلس نه در پاسخ نمایندگان سوال کننده از وی در مورد فرار از جنگ، بلکه در جریان جلسه رای عدم کفایت در تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ می‌باشد.

ترور میکونوس

در ۲۱ فروردین ۱۳۷۶، دادگاهی در آلمان، که به پرونده ترور میکونوس رسیدگی می‌کرد، در طی حکمی کمیته امور ویژه جمهوری اسلامیرا، که سید علی خامنه‌ای یکی از اعضای آن بود، به دادن دستور این ترور، متهم کرد.

مرتضی سرمدی معاون ارتباطات وزیر امور خارجه ایران، در آن زمان اتهامات دستگاه قضائی آلمان را به شدت رد کرد و گفت: «ایران معتقد است مقامات قضایی آلمان و دستگاه قضایی این کشور تحت نفوذ صهیونیست‌ها به مبارزه سیاسی کثیفی علیه جمهوری اسلامی ایران دست یازیده‌اند.»

پس از این حکم، آلمان و ایران سفرای خود در دو کشور را فرا خواندند و آلمان چهار دیپلمات ایرانی را از این کشور اخراج کرد، تمامی کشورهای عضو اتحادیه اروپا نیز، سفرای خود را از ایران فراخواندند.

ایران نیز در پاسخ به این حرکت اتحادیه اروپا، تمام سفیران خود را از کشورهای عضو این اتحادیه فرا خواند و روابط دو طرف دچار بحران شد.

که تا سه ماه بعد و پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری ادامه داشت.

این واقعه، موجی از اعتراضات را در میان مردم ایران علیه آلمان برانگیخت. صدهاتن از ایرانیان مخالف حکومت پس از اعلام حکم به شادمانی و رقص در خیابانهای آلمان پرداختند و آلمان به شهروندانش درمورد سفر به ایران هشدار داد.

دادگاه آرژانتین

 

در دیدار با لوئیس ایناسیو لولا داسیلوا رئیس جمهور وقتبرزیل

نشریه نیویورک تایمز، مدعی است، که عبدالقاسم مصباحی، یکی از افراد بلندپایه وزارت اطلاعات ایران که درسال ۱۹۹۶ به آلمان گریخت، در مصاحبه‌ای با بازپرس دادگاه آمیا، که برای رسیدگی به پرونده بمب گذاری آمیا برگزار شده بود، خامنه‌ای را متهم کرد که عامل اصلی این ترور بوده و ۲۰۰ میلیون دلار ازحساب مشترک خود با احمد خمینی در بانک سوئیس را صرف این کار کرده‌است. در نهایت دادگاه آرژانتین هیچ حکمی درباره خامنه‌ای صادر نکرد... و نیز مقامات ایرانی مدعی هستند که، تاکنون هیچ مدرکی علیه دخالت جمهوری اسلامی ایران در این خصوص ارائه نشده و سیستم قضایی آرژانتین را فاسد و موضوع را توطئه‌ای سیاسی از سوی صهیونیست‌ها و آمریکا تلقی می‌کنند.

اینترنت و حضور در شبکه‌های اجتماعی مجازی

در دوران رهبری خامنه‌ای بر ایران، این کشور شاهد ورود فناوری‌های نوین ارتباطی همانند اینترنت بود. با اینکه جمعیت زیادی از جوانان ایران به اینترنت دسترسی دارند، خدمات اینترنت در این کشور با محدودیت‌هایی روبرو است که اغلب از سوی نهادهای مرتبط با رهبر اعمال می‌شوند. به گفته احمد علم‌الهدی، خامنه‌ای مخالف بالا بردن سرعت اینترنت در ایران است و برای مقابله با آن دستور داده است.

با این حال دفتر خامنه‌ای در فضای مجازی فعالیت دارد و علاوه بر اداره یک سایت اینترنتی بسیار فعال و به لحاظ فنی پیشرفته، بر روی شبکه‌های اجتماعی فیس بوک، توییتر و اینستاگرام نیز حضور دارد. به باور خامنه‌ای استفاده از فیس بوک در شرایطی که موجب «مفسده، تقویت دشمنان اسلام یا خوف ارتکاب گناه» نباشد بلامانع است.

انتقادها از رهبری

 

میرحسین موسوی و همسرش زهرا رهنورد از جمله منتقدان شیوه حکومتی آیت‌الله خامنه‌ای هستند که در حصر خانگی به سر می‌برند.

خامنه‌ای تاکنون چندین بار در زمینه چگونگی رهبری و اداره کشور مورد انتقاد قرار گرفته است. اغلب مخالفان وی در ایران توسط دستگاه‌های اطلاعاتی دستگیر، زندانی، محصور، یا حذف می‌شوند.

از نخستین مخالفان آیت‌الله خامنه‌ای، آیت‌الله گلپایگانی، از مراجع تقلید پرنفوذ، بود که رقیب خامنه‌ای در انتخاب شدن به منصب ولایت فقیه بود. پس از برگزیده شدن خامنه‌ای به این منصب، گلپایگانی از اعلام زمان آغاز ماه رمضان، حلول ماه شوال و اعلام روز عید فطر محروم شد. دیگر مخالفانی که در دوره خمینی دستگیر و به زندان افتاده بودند نیز در دوره خامنه‌ای به حصر انداخته شدند؛ از جمله آن‌ها نورالدین کیانوری، رهبر حزب توده ایران، بود که در نامه‌ای به خامنه‌ای پس از رسیدن او به قدرت در نامه‌ای به شرح شکنجه‌های زندان بر خودش، خانواده‌اش، و اعضای حزب توده پرداخت. او به همراه همسرش مریم فیروز پس از اعتراف اجباری در زیر شکنجه به «خانه امن» منتقل و تا هنگام مرگ در آنجا نگاه داشته شدند.

پس از مرگ خمینی و در پی انتشار فهرستی از سوی حوزه علمیه قم که در آن نام مراجع تقلید آورده شده بود، خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید معرفی شد. چنین چیزی واکنش تعدادی از مراجع تقلید را در برداشت. آن‌ها بر این باور بودند که خامنه‌ای درجه مرجعیت ندارد. در سال ۱۳۷۶ و چند ماه پس از انتخابات دوم خرداد، منتظری در یک سخنرانی به شدت از خامنه‌ای انتقاد کرد و گفت:

آقای خامنه‌ای شما که در شان و حد مرجعیت نیستید... آیت‌الله مومن (عضو شورای نگهبان) به من گفت یکی از این آقایان (نماینده آیت‌الله خامنه‌ای در دفتر استفتائات) می‎رود در دفتر ایشان در قم می‎نشیند و مسائل را مطابق نظر آقای خامنه‌ای جواب می‎دهد به ایشان گفتم ایشان که رساله ندارد، شما چگونه فتاوا را بر طبق نظر ایشان جواب می‎دهید؟ گفت ما روی تحریر امام [خمینی] جواب می‎دهیم! گفتم مردم آخر مساله ایشان را می‎خواهند، گفت: می‎گویند ایشان فتوایش مثل فتوای امام است، ما روی تحریر امام جواب می‎دهیم! خوب این معنایش مبتذل کردن مرجعیت شیعه نیست؟

این سخنرانی حصر منتظری را در پی داشت. این حصر برای شش سال ادامه یافت تا آنکه سرانجام در دوران دولت اصلاحات در آن بازنگری شد. در رسانه‌های ایران برای سال‌ها از منتظری به بدی یاد می‌شد و او را «شیخ ساده‌لوح» می‌نامیدند. منتظری تا هنگام مرگ در سال ۱۳۸۸ منتقد رهبری خامنه‌ای باقی ماند و در سخنرانی‌هایش درخواست اتخابات آزاد، واگذاری قدرت، و اجازه انتقاد از او داشت.

پس از انتخابات جنجال‌برانگیز ۱۳۸۸ در ایران، انقاد از روش رهبری خامنه‌ای بالاتر گرفت. کسانی چون محمد نوری‌زاد و مهدی خزعلی از جمله کسانی بودند که با نوشتن نامه‌های انتقادی از او، روش برخورد نیروهای زیر فرمانش را در برخورد و کشتن معرضان به انتخابات زیر سوال بردند. پاسخ حکومت به این افراد دستگیری و شکنجه آن‌ها بوده است؛ به گونه‌ای که نوری‌زاد و خزعلی هر دو بارها توسط نیروهای اطلاعاتی دستگیر و مورد ضرب و شتم قرار گرفته‌اند. در یکی از واپسین نامه‌های خود به خامنه‌ای، نوری‌زاد او را به دلیل کارنامه سیاسیش به عدم کفایت سیاسی و توانایی رهبری کشور متهم کرد.

جراحی پروستات

در صبح ۱۷ شهریور ۱۳۹۳، وبسایت رسمی علی خامنه‌ای از عمل جراحی پروستات وی خبر داد. علیرضا مرندی، رئیس تیم معالج وی اعلام کرد: «مدتی بود که این عارضه در رهبر انقلاب ایجاد شده بود و نظر پزشکان این بود که اکنون زمان مناسبی برای عمل است و رهبر معظم انقلاب نیز از نظر پزشکان معالج تبعیت کردند ... رهبری پس از پنج یا شش روز از بیمارستان مرخص می‌شوند.» عمل جراحی پروستات رهبر ایران با موفقیت انجام شد.

کتاب‌شناسی

تالیف‌ها و پژوهش‌ها

ترجمه‌ها

• صلح امام حسن، تألیف راضی آل یاسین.
• آینده در قلمرو اسلام، تألیف سید قطب.
• مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، تألیف عبدالمنعم نمری نصری.
• ادعانامه علیه تمدّن غرب، تألیف سید قطب.